《内经》作为古代医学科学与传统哲学有机结合的自然哲学著作，不仅系统阐述了从中医理论到临床、养生预防各方面的医学问题，创立了中医学术体系与范式，成就了历代杰出医学家的成长；同时又是最早研究医学中形而上的普遍问题，包含着丰富的朴素唯物主义和辩证法思想，因而被称之为“医学之宗”或“医学哲学之宗”。《内经》所确立的医学理论体系数千年来一直指导着中医临床实践，推动着中医学术的发展，即使历史发展到21世纪，《内经》仍有其不可替代的指导或借鉴价值。
一、确立了极具前瞻性的医学模式
当代医学模式正在由生物医学模式向生物-心理-社会医学模式转变之中，生物-心理-社会医学模式尚未全面贯彻于临床诊断、治疗与预防之中，不能广泛应用于临床各科。而且，当前人类的生存环境不断恶化，环境污染、生态破坏、气候变异等，导致疾病谱由急性传染病为主转变为组织器官功能退化、癌症、心理与社会适应不良等慢性疾病为主的同时，又有个别传染病复发或产生新的传染病。因此，有学者又提出生态医学模式，关注环境及其变迁对疾病的作用，以研究人的生存状态、影响因素以及人对自然界和社会适应性的问题，认为人的健康就是人的内在诸因素之间的平衡及其与外环境之间的协调平衡，而人的疾病则是人的内在诸因素之间的失衡及其与外环境之间的失衡状态。
医学模式作为哲学范畴的概念，而哲学思想往往具有超越时代的先进性。《内经》在中国古代天人合一哲学观指导下所创立的生物-心理-社会-生态-时间医学模式，不仅具有超越时代的前瞻性与前驱性，并且贯穿于中医理论体系的各个环节，有效地主导着历代医学家的认识和实践活动。如对生命的认识，不仅仅限于人体本身，而是与整个生存环境密切相关。对疾病的发生，没有企图去探讨引起疾病的具体物质，而是从引起疾病发生发展的自然环境、社会心理、行为方式等诸多条件来认识，认为发病不是病源的单因素作用，而是外在环境和内部机能的综合效应。对疾病的诊断，着眼于疾病过程中的整体功能失调，并不特别关注局部病灶的改变，强调不仅要掌握脏腑生理病理，同时还必须全面了解患者所处的社会环境、生活状况、精神状态、生态环境与时间要素等。对于疾病的治疗，强调须顺应天时地势等自然因素，同时要兼顾患者的社会经济状况、政治地位、文化素养、地区习俗风尚及个人经历遭遇、喜乐好恶、起居饮食等，即坚持“三因制宜”的原则，并采用多种手段，治、调、养结合，以获取最佳效果。重视疾病预防，强调治未病，所谓“智者之养生也，必顺四时而适寒暑，和喜怒而安居处，节阴阳而调刚柔，如是则僻邪不至，长生久视”（《灵枢·本神》）。另外，在《内经》医学模式中，人被视为形神和谐的统一体，由此促使人们认识到医患之间建立和保持密切配合的良好关系，调动患者健康精神的心理活动，对于各种疾病的治疗和康复都有着积极作用。上述从对生命的认识到对医患关系的处理，均渗透着生物-心理-社会-生态-时间医学模式的基本精神，从而使中医学各学科的知识紧密、有机地融合成一体。
《内经》生物-心理-社会-生态-时间医学模式，具有丰富而合理的内核和积极的现实意义，对于当代医学从疾病医学到健康医学、从生物医学到生态医学、从治病到治人、从群体治疗到个体治疗、从病源治疗到整体治疗、从形神分离到心身同治的转变，无疑具有重要的借鉴与推动作用，对未来医学模式的转变与创新也将带来深远影响。
二、形成了独具特色的方法论
德国现代思想家卡尔·雅斯贝尔斯在《人的历史》一书中指出：“以公元前500年为中心——从公元前800年到公元前200年——人类的精神基础同时地或独立地在中国、印度、波斯、巴勒斯坦和希腊开始奠定，而且直到今天人类仍然附着在这种基础上。”“在这一时期充满了不平常的事件，在中国诞生了孔子和老子，中国哲学的各种派别的兴起，这是墨子、庄子以及无数其他人的时代。”“这个时代产生了所有我们今天依然在思考的基本范畴。”可以说，正是这一轴心时期规定了中国传统思想展开的基本命题和发展的基本路向。而以这一轴心时期思想为基础编著成书的《内经》，吸取了中国哲学“天人合一”时间本位”“道法自然”等哲学观念，借用气、阴阳、五行等哲学术语作为理论表述的工具，融合当时自然科学的部分成果，将医疗经验与哲学、自然科学的知识有机整合，建构中医的理论体系，自然也就形成了中医学独具特色的方法论。
《内经》在中国古代哲学思想基础上所形成的方法，当代学者虽有不同的表述，但大致可概括为重视动态功能的系统整体方法，与西方科学重视实体的还原分析方法形成鲜明的对比。《内经》以气概念为理论建构的核心，而气是一种连续的、不可分割的、无形的、流动不息的物质存在，宇宙万物是由本原之气分化生成的，因而事物的整体也是本原性的，是具有不可分解性的元整体；同时，本原之气化生万物不借助外力，而是气分阴阳，阴阳互根、互生、互化、互用，事物运动变化的动力源泉在自身内部，是自生自化；其次，本原之气化生万物，必然会呈现为一个时间过程，而具有周期性的变化及其规律。这种气论哲学影响到《内经》理论，一是给中医学模式带来了有机论色彩，二是将人体结构看成是一种活的、动态的“气化结构”，三是以整体论思维方式认识和治疗疾病，四是着眼于周期性的时间变化研究人体的生命活动。气至精无形，由气所分化的阴阳也是“有名而无形”（《灵枢·阴阳系日月》），由此决定了《内经》不可能完全通过形态观察法去获取事实，而必须选择“司外揣内”的功能观察法，即“视其外应，以知其内脏，则知所病矣”（《灵枢·本藏》）。《灵枢·九针十二原》说：“粗守形，上守神。”所强调的也是医者认识人体及疾病不应仅从静态的形体考察，更应通过机体的动态功能来把握。五行学说以五行的特性来认识归类事物，以五行之间的功能关系说明五行系统之间的联系，同样也着眼于功能之象；同时五行学说所建构的联系人体内外的五脏系统，以及五脏系统之间具有生克制化的内在平衡调节机制，不仅包含着丰富的现代系统科学的思想，而且与阴阳学说对事物对立、互根、消长、转化等关系的认识一起，又构成了《内经》辩证思维的基础。总之，从整体的、功能的的角度，系统而辩证地认识人体生命活动，是《内经》方法论的最主要的特征。
三、奠定了中医学独特的理论体系
中医学是迄今为止能保持独立性的民族科学技术体系，这不能不说是科学史上的奇迹。因为在经过了近百余年东西方文明碰撞、融汇的文化巨变之后，一切民族的物理、化学和数学均化为人类科学史上的一道痕迹。另一方面，在世界医学史上，也曾经有过诸如希腊、罗马、印度、埃及、阿拉伯等多种传统医学，但经过漫长的历史，除中医学得到延续外，几乎其他传统医学都沦为民间医学，或者基本湮灭。这些事实表明，中医学并非只是一种可以附着于任何体系之上的技艺，而是一个理论、技术、经验和实效紧密联系在一起的自我满足的整体。中医学之所以得以延续至今，除了其独特的医疗实用价值外，也因为它拥有一套至今魅力不减的较为完整的理论体系，而《内经》就是其理论体系的奠基之作。
在《内经》成书之前，古人虽然已经积累了比较丰富的医药知识和医疗经验，但尚未成系统。从《内经》引证的《上经》《下经》《大要》《五色诊》《奇咳术》《揆度》《阴阳》等医学文献可以看出，前人对医疗实践经验已作了初步总结，但还未形成系统的医学理论。马王堆出土的西汉医书如《足臂十一脉灸经》《阴阳十一脉灸经》《五十二病方》，其所载十一条经脉尚不相互连接，腧穴及针刺方法等记述较少，理论系统还不完整。《内经》时代，医疗经验的积累更为丰富，中国传统思想空前活跃，科学技术也得到了进一步的发展，为《内经》整理建构中医理论体系创造了有利的条件。《内经》吸收了当时先进的哲学思想，借鉴了其他自然科学的成果，整理、总结前人的医学经验，创建了独特的中医学理论体系，特别是经络、腧穴、针灸理论，更是世界独具一帜，魅力无穷。自《内经》以后，中医学术虽然代有发展，流派纷呈，医学著作汗牛充栋，但追溯这些学说、流派、著作的渊源，绝大多数都是导源于《内经》，是从不同角度对《内经》理论的丰富，其基本观点、理论核心、思维方式等都是《内经》所确定范式的展开、丰富、完善，并没有改变《内经》理论体系的框架。
四、构建了独特的疾病防治体系
《内经》并不仅仅是中医理论的鸿篇巨制，同时也是中医临床经验的结晶与中医思维方法的载体，诚如儒家经典作为对人生、社会问题的思考与经验总结，它能够规范指导人的社会行为。《内经》作为医道的载体，是中华民族长期与疾病作斗争的经验结晶的集中体现，它对于中医临床实践活动无疑有着规范、指导作用，它所提供的防治疾病的手段和方法仍然具有实用价值，并有可能不断拓展其在临床中的应用范围。
首先，《内经》所阐述的中医理论是分析人体生理病理，指导疾病诊断、治疗和预防的重要武器，至今仍然有效地指导着中医临床实践。
其次，《内经》对疾病诊治的记载十分丰富，162篇中直接以病证及其治疗名篇者有40余篇，加之其他篇章中涉及到的临床医学的内容，约占整体《内经》的二分之一以上，内容涉及内、外、妇、儿、五官等多门临床学科，是对汉以前积累的丰富临床医疗经验的一次大规模的总结，为中医临床医学的发展奠定了基础。可贵的是，一些临床经验至今仍闪耀着生命的活力，其中的经典名言仍是今天中医临床辨治疾病的圭臬，如论热病预后判断谓“热虽甚不死，其两感于寒而病者，必不免于死”，论咳嗽病机的“五脏六腑皆令人咳，非独肺也”，论痹证病因的“风寒湿三气杂至，合而为痹”等。虽然《内经》所论病证与现代临床分型不太一致，但其对病机理论的分析，所提出的病证分类原则和方法等，已为后世临床医学的发展树立了楷模，特别是对疾病的脏腑分证、六经分证，可谓是后世辨证论治理论及方法的肇源。在治疗方面，《内经》提出了因人、因时、因地制宜及因势利导、治病求本、病治异同、标本缓急、补虚泻实、寒热温清、预防与早治等原则，并论述了针灸、药治、精神疗法、按摩、导引、药熨、饮食疗法等多种治疗方法。正由于《内经》对病证认识的广泛与深刻，对诊治方法论述的丰富，故后世医家亦将《内经》视为治病之法书。
第三，《内经》也是中医养生的宝典。《素问》把养生放在首要位置，并以“渴而穿井，斗而铸锥”为比喻，说明“病已成而后药之”“不亦晚乎”的道理，突出了“不治已病治未病”（《素问·四气调神大论》）的预防思想。《内经》认为，养生的目的是为了维护人与自然的和谐、形与神的和谐、脏腑气血阴阳的和谐，从而维护健康，延年益寿。其所论养生方法也十分丰富，主要有顺应四时、调养精神、食饮有节、起居有常、导引锻炼等，初步建立了中医养生预防体系。
五、树立了多学科研究医学的典范
《内经》学术体系的形成，总体上还处于科学发展的自然哲学时期，自然科学尚处于哲学的母体中，自然科学各个门类也处于发展期，农业生产以及与其相关的天文学、历法学、气象学等相对发展较快。但《内经》的作者在建构其学术体系时，并不局限于对当时先进哲学思想的引进，还以充分开放的心态，积极吸收当时各门自然科学与社会科学的成果，呈现出多学科渗透融合的理论构建方式，树立了多学科研究医学的典范。正由于此，所以当代学者大多认为《内经》是以生命为中心，除了论及医学、天文学、历法学、地理学、气象学、生物学外，还有哲学、心理学、社会学等，是一部围绕生命问题而展开的百科全书。
从系统科学的角度而言，任何一门科学，都是一个相对独立的系统，而每一个科学系统都具有开放和封闭的两重性。因为一个系统之所以成为系统，就在于它对于环境具有一定的相对独立性；同时，客观世界又处于普遍联系中，因而每个系统又都是具有开放性的系统。开放不仅是系统自组织的前提，而且是系统得以在动态之中保持稳定存在的前提。系统只有在适当开放的条件下并在开放之中来保持自己的稳定；一旦系统完全封闭起来，系统很快就会走向衰亡。《内经》所确立的中医理论体系同样也是一个具有开放和封闭两重性的独立系统。而学科保持充分的开放性，不同学科之间相互联系、渗透、融合，正是产生新学说、创建新理论的重要途径，也是学术发展的重要规律。这就是为什么《内经》所确定的理论原则至今还有一定生命力的根本原因。现代新兴的某些边缘学科，如医学气象学、医学地理学、时间医学、社会医学、医学心理学、生态医学等之所以常常可以在古老的经典里找到若干雏形，其道理盖出于此。
随着现代社会及自然科学的发展，各门学科的交叉融合成为科学发展的潮流，中医学术研究更应当借鉴《内经》时代开放、包容的学术发展思想，不断吸收其他学科的方法及知识，在开放中求发展；否则，其理论势必会停滞不前，甚或衰亡。
《内经》与《希波克拉底文集》出现的年代大致相近，均非出于一时一人之手，但分别代表着中、西医学史上第一座高耸的峰巅，它们标志着医学真正踏上了科学、理性、经验和技术的康庄大道，并为其后的进一步发展奠定了坚实的基础，从而构成了中、西医学历史画卷的轴心。两部医学著作有着惊人的相似之处，如朴素的辩证观与唯物论思想，整体观念的确立，动态平衡思想的孕育，相似的诊断方法以及强调疾病的早期诊治等。当然两者同中有异，相比较而言，《内经》更重于哲学思辨，理论的解释更具有普适性，其在气与阴阳五行学说的指导下，更多关注于对功能的认识，产生了经络等独具特色的理论。历史经过两千多年的轮回，《希波克拉底文集》除其中的医学誓言为人们所提及外，其他内容则被尘封于历史的记忆之中。反观《内经》，其阐述的医学基本原理，至今仍是中医各科的理论基础和创新源泉，尤其令人惊叹的是，用《内经》理论和方法指导治疗，在很多方面能够达到现代西方医学难以达到、无法解释的效果。一部两千年前的医学著作，竟然有如此长久的生命力，无疑是科学史上的奇迹，正因如此，《内经》作为世界文化遗产而进入《世界记忆名录》。
